國務院在批復中明確提出，《規(guī)劃》實施要以科學發(fā)展觀為指導，認真貫徹落實2011年中央1號文件精神，以完善流域防洪減災、水資源綜合利用、水資源與水生態(tài)環(huán)境保護、流域綜合管理體系為目標，堅持全面規(guī)劃、統(tǒng)籌兼顧、標本兼治、綜合治理，注重科學治水、依法治水，處理好興利與除害、開發(fā)與保護、上下游、左右岸、干支流等關系，充分發(fā)揮長江的多種功能和綜合利用效益，為實現(xiàn)經濟持續(xù)發(fā)展和社會和諧穩(wěn)定提供有力支撐。
通過《規(guī)劃》實施，到2020年，長江流域重點城市和防洪保護區(qū)在遇標準以內洪水時基本不發(fā)生災害，在遇超標準洪水時最大限度地減少人員傷亡和財產損失，山洪災害防御能力顯著提高；城鄉(xiāng)供水和農業(yè)灌溉能力明顯增強，城鄉(xiāng)居民生活用水全面保障，水能資源開發(fā)利用程度穩(wěn)步提高，航運體系不斷完善；水生態(tài)環(huán)境惡化趨勢有效遏制，飲用水水源地水質全面達標，水土流失得到控制；最嚴格水資源管理制度基本建立，涉水事務管理全面加強。到2030年，流域防洪減災體系更加完善，防洪減災能力進一步提高；節(jié)水型社會基本建成，水資源和水能資源開發(fā)利用程度進一步提高；水生態(tài)環(huán)境明顯改善，河流生態(tài)系統(tǒng)良性發(fā)展，水土流失有效治理；流域綜合管理現(xiàn)代化基本實現(xiàn)。
要完善流域防洪減災措施。重點加強長江中下游干流、洞庭湖、鄱陽湖和主要支流治理，加快向家壩、溪洛渡、亭子口等控制性樞紐工程建設，抓緊實施重要蓄滯洪區(qū)建設，加強重點城市防洪建設和重點澇區(qū)治理，完成病險水庫和水閘除險加固，建設流域防洪預警系統(tǒng)和山洪災害易發(fā)區(qū)預警預報系統(tǒng)。加強以三峽水庫為核心的干支流控制性水利水電工程聯(lián)合調度，協(xié)調好防洪與水資源綜合利用、水生態(tài)環(huán)境保護的關系，提高流域抗御特大洪水災害的能力。
要合理配置和高效利用水資源。加快開展南水北調東、中線后續(xù)工程論證及西線項目前期工作，逐步完善全國水資源優(yōu)化配置格局。在強化節(jié)水的基礎上，建設一批必要的水源工程，提高流域供水保障能力，解決局部地區(qū)工程性缺水問題。加強灌區(qū)續(xù)建配套和節(jié)水改造，在水土資源條件具備的地區(qū)適當新建灌區(qū)。在保護生態(tài)環(huán)境和移民合法權益的前提下，合理有序開發(fā)水能資源。大力發(fā)展航運，完善現(xiàn)代化長江水運格局。
要加強水資源與水生態(tài)環(huán)境保護。加大洞庭湖、鄱陽湖、丹江口庫區(qū)及上游、三峽庫區(qū)及長江口地區(qū)水資源保護力度，加強巢湖、滇池等重點湖泊和沿江城市河段水污染防治。嚴格控制生態(tài)環(huán)境敏感區(qū)域的治理開發(fā)活動。加強長江上中游水土保持，強化水土流失預防監(jiān)督和生態(tài)修復。
要強化流域綜合管理。加強流域立法研究、涉水事務管理和執(zhí)法監(jiān)督。實行最嚴格水資源管理制度，建立流域用水總量、用水效率和水功能區(qū)限制納污控制指標體系。加強流域水資源統(tǒng)一調度和管理。規(guī)范河道岸線和采砂管理。完善水量、水質、水生態(tài)環(huán)境綜合監(jiān)測系統(tǒng)。
依照《中華人民共和國水法》，《規(guī)劃》是長江流域開發(fā)、利用、節(jié)約、保護水資源和防治水害的重要依據。國務院要求，流域內各省（區(qū)、市）人民政府和有關部門要加強領導，密切配合，認真分解落實《規(guī)劃》提出的各項任務措施，精心組織實施，切實保障流域防洪安全、供水安全、糧食安全和生態(tài)安全。